第二版是 FreeBSD 文档项目专员两年多努力的结晶。本版的主要变化如下：
添加了完整索引。
所有 ASCII 图均被图形化的图表取代。
每章都增加了独立的概述小节，以在短时间内获得该章所涉及的内容，以及读者应了解的内容。
内容上被逻辑重组为三部分：“入门指南”，“系统管理”和“附录”。
FreeBSD 基础已增补，包含了有关进程，守护程序和信号的额外信息。
安装应用程序：软件包和 Port 已增补，包含了有关使用二进制软件包管理的其他信息。
X Window 系统被完全重写，重点是在 XFree86™ 4.X 上使用现代桌面技术，如 KDE 和 GNOME。
FreeBSD 启动过程已增补。
将以前两个独立的小节“磁盘”和“备份”重写为存储。我们认为将这些主题作为单独一章呈现更易理解。还添加了有关 RAID（硬件和软件）的部分。
串行通信已完全重写并更新，适用于 FreeBSD 4.X/5.X。
PPP 已大幅更新。
高级网络中添加了许多新章节。
电子邮件已增补，包括有关配置 sendmail 的更多信息。
Linux® 二进制兼容层已增补，包括了有关安装 Oracle®和 SAP® R/3® 的信息。