第三版是 FreeBSD 文档项目专员连续两年工作的成果。纸质版变得非常厚重，所以必须分成两卷本来出版。以下是新版本的主要变化：
配置和调优已增补，提供了有关 ACPI 电源和资源管理、系统实用程序 cron 以及更多内核调优参数的新内容。
安全已增补，提供有关虚拟专用网络（VPN）、文件系统访问控制列表（ACL）和安全通告的新内容。
此版新增了章节强制访问控制。它解释了什么是 MAC 以及如何使用该机制来保护 FreeBSD 系统。
存储已增补，包括有关 USB 存储设备、文件系统快照、文件系统配额、文件和网络支持的文件系统以及加密磁盘分区的新内容。
PPP 中新增了故障排除部分。
电子邮件已增补，包括了有关使用替代传输代理、SMTP 身份验证、UUCP、fetchmail、procmail 以及其他高级主题的新内容。
高级网络部分已增补，新增了有关在 FreeBSD 上使用蓝牙®设备、设置无线网络以及异步传输模式（ATM）网络的教程。
书中增加了一个词汇表，为全书所用技术术语的定义提供了一个集中的位置。
对全书的表格和图表进行了诸多美化。